أثار إختفاء تجمع المهنيين السودانيين الكيان الابرز في قيادة ثورة ديسمبر عدداً من التساؤلات التي تشير الى انه كان صنيعة جهات سياسية وأمنية هدفت لاسقاط عمر البشير بحسب أن التجمع وفور انتهاء مهمته اختفئ عن الانظار وظهرت بدلاً عنه الاحزاب السياسية التي جاءت لتفاوض المكون العسكري لاستلام السلطة، ويرى المتابعون أن هناك محاولات جديدة لتجميع بعض الكيانات المهنية والشبابية على يد البعثة الاممية اليونتامس لتكوين كيان جديد يلتف حوله الجماهير لمعارضة الحكومة الانتقالية واعتبروا ذلك مستحيلاً في الوقت الراهن بحسب أن تجربة تجمع المهنيين لاتزال مطروحة وسط المجتمع بالتشكيك فيه واستخدامه من قبل الاحزاب السياسية لقيادة الثورة
التجمع
يرى المحلل السياسي موسى الطيب أن تجربة تجمع المهنيين كانت فعلاً ملهمة وأن الناس التفوا حوله باعتباره جسم مهني لاعلاقة له بالاحزاب السياسية ولكن الواقع اثبت انه صنيعة اجسام سياسية تكون تحت اشراف المدير العام لجهاز الامن والمخابرات الوطني وقال كل الذين شاركوا في الثورة وكانوا فاعلين فيهم يتساؤلون من كان وراء تحويل المواكب من القصر الجمهوري الى القيادة العامة موضحاً ان ذلك التحول المفاجئ كان يجهله تحت القيادة التي كانت تسيطر على الثوار وتحركهم مما يعني ان هناك قيادة خفية هي التي تدير المشهد مشيراً الى ان تجربة تجمع المهنيين لاتزال حية وأن محاولة اعادة انتاجها لن تجدي المعارضة نفعاً مشيراً الى اشراف البعثة الاممية بالسودان اليونتامس ورئيسها فولكر بيرتس على تكوين اجسام مهنية لتقود المجتمع اعادة لانتاج تجمع المهنيين بشكل جديد ولكن لن تجد الالتفاف الجماهيري باعتبار ان ليس هناك عدو واضح يستهدفه الناس وأن محاولة صناعة البرهان وحميدتي هما الاعداء المقصودين تقديرات غير صحيحة في مقدمتها ان المدنيين لم ينجحوا في تجربة حكمهم الاول بل كانت اسواء الفترة في السودان مارسوا فيها كل انواع الانتهاكات وتطويع القانون وكسبوا عداوات كبيرة جداً هي التي تدافع عن البرهان وحميدتي بمافيهم الاسلاميين الذين لايحبونهما ولكن يرون بانهما الافضل من قوى الحرية والتغيير
الخلافات
واضاف استاذ العلوم السياسية مجاهد عبيدالله أن محاولة الاحزاب السياسية السيطرة على تجمع المهنيين والخلافات بينها قاد لانقسام التجمع وقال بعض القوى السياسية داخل الحرية والتغييرعملت على تكريس هذا الانقسام مما أدى الى أضعاف أداء بناء النقابات وأضعف حركة تجمع المهنيين نفسه، وأولى الضربات التي تعرض لها هي انه ذاب في الحرية والتغيير واخطاء عندما لم يقدم اي مرشح ولا يشارك بشكل اساسي في حكومة الفترة الانتقالية وكانت قاصمة الظهر هي الخلافات التي حصلت بين المكونات المختلفة في الحرية والتغيير مع الحزب الشيوعي ويبقى ان اعادة انتاج تجمع المهنيين او صناعة جسم جديد على شاكلته من المستحيل القبول به