في يونيو 1989 قام العميد آنذاك عمر البشير وخيرة من ضباط الجيش بأحداث ثورة تغيير في البلاد ، عبر انقلاب على رئيس الوزراء آنذاك الصادق المهدي ، الذي عبث في الأرض وتدهورت الأوضاع في حكمه فجاءت ثورة 1989 والتي تسمى أيضاً بثورة الإنقاذ الوطني لإنقاذ البلاد والشعب من المحك ، فلاول مرة في تاريخ الدول العربيه أن يحاكم رئيسا قد انقذ شعبه من هلاك وانعش اقتصاده وحسن معيشته ،في ابريل 2019 أطاح به ضباط من جيشه واوضعوه في سجن كوبر ، وفي يوليو 2020 بدأت أولى محاكمته في انقلاب 1989 ومعه نائبه ومستشاره وآخرين من أعوانه عسكريين ومدنيين ، ولم يقدم لمحاكمة اخر إلا في مطلع عام 2023 ، بسبب غياب رئيس المحكمه الذي انتهت مدته ، وفي إنتظار قاض آخر لاستلام ملف القضية ، ما يعني أن المدة ستطول أكثر من 3 أعوام لمحاكمته ، على الرغم من أن المادة 38 من قانون الإجراءات الجنائية في السودان تنص على أن مدة التقادم على أي جريمة يعاقب عليها بالإعدام أو السجن عشر سنوات من تاريخ بدء الجريمة ، فإن القضاء السوداني لم يعلق أهمية على هذه المادة وقرر لإهماله ،ومن ثم تحايلت السلطات السودانية على قانون التقادم من خلال التعديلات التي أجرتها في يوليو 2020 بإلغاء مفهوم التقادم فيما يتعلق بفئات معينة من الجرائم ، بحسب ما نشر في ذلك الوقت في الجريدة الرسمية لجمهورية السودان. رقم 1904 في 13/7/2020. وأدرجت قضية البشير ورفاقه في هذه القائمة التي لا تتأثر بالتقادم ، وهذا يعتبر تلاعب بقوانين البلاد وانتهاك لحقوق الإنسان في قضية البشير ، وتسييس القضاء ، بالرغم أن آخر محاكمة له قد اعترف بصريح العبارة أنه المسئول الأول وأنه يتحمل انقلاب 1989 ، وان من معه الان في السجن لا علاقة لهم بانقلاب الإنقاذ إلا أن القضاء لم يعره اهتمام وظل يتحايل ويتلاعب بالمستندات ، ويعتبر البعض أن هذا التحايل متعمد بأن يتم اغتيالهم داخل زنازينهم كما فعلوا في السابق مع أخيه عبدالله البشير الذي اصيب بكورونا داخل سجنه ، والزبير احمد الحسن وآخرين بأن تم تجاهل علاجهم ، وتركهم للموت .
