يعتقد البعض أن السبب الرئيسي في الأزمات الاقتصادية في السودان هو سوء الإدارة وتفشي الفساد والمحسوبية وغياب الشفافية والديمقراطية فقط ولكن تكمن المشكله الرئيسيه والأساسية وراء الأزمات الاقتصادية في السودان إلى الحصار السياسي والاقتصادي المفروض علي السودان منذ التسعينات ، عندما طالبت الولايات الأمريكية بمنع قيادات الحركة الإسلامية من المشاركة في الحكم ، وتم التهديد بتسليح الجنوب الطامح في الانفصال، حيث يدعم الغرب انفصال الجنوب المسيحي عن الشمال المسلم ويمده بالأسلحة والعتاد من حين لأخر ، وعندما قام السودان بالتوجه شرقا نحو الصين وروسيا للتخفيف من آثار العقوبات ، قامت الولايات الأمريكية بتضييق الخناق عليه بل وقامت إسرائيل بإتهام السودان بدعم حركة حماس بعد رفض السودان إغلاق مكتب حماس في الخرطوم ،كما قامت الطائرات الإسرائيلية بمهاجمة السودان في 2012 و2015 تحت زعم وجود مخازن للسلاح تابعة لحركة حماس، حيث قامت إسرائيل باتهام السودان بتسهيل نقل السلاح الإيراني لحماس عبر تخزينه في السودان ، ولم تتم محاسبة ايا من هذه الدول على هذه الاتهامات أو الخسائر التي جناها السودان عقب تدميره ،
قامت أمريكا عن طريق حلفائها في إفريقيا بدعم الحركات الانفصالية في الجنوب والغرب، حيث استقبل تشاد وليبيا زعيم الحركة الانفصالية في دارفور منذ عام 2003 وقدموا دعما لوجيستيا وعسكريا لتلك الحركة، كما قامت بدعم الجنوب متمثلاً في الحركة الشعبية للمطالبة في الانفصال في جنوب السودان منذ الثمانينيات، كما احتضنت مؤتمر لمتمردي دارفور عام 2013.
و منذ العام 1999 دخل السودان نادي الدول المنتجة للنفط حيث وصل دخل النفط في عام 2006 إلى 27 مليار دولار، الأمر الذي مكن حكومة السودان من تجاوز ازمة الحصار الأمريكي.لكن بعد الدعم الغربي للحركات الانفصالية في الغرب والجنوب واستمرار الحرب الأهلية، اضطرت الحكومة السودانية لتوقيع اتفاقية السلام مع الحركة الانفصالية في الجنوب عام 2005 التي تسمح بحكم ذاتي لمدة 6 سنوات ومن ثم التصويت علي الانفصال في 2011 وهو ما حدث فعلا، وانفصل الجنوب حاملا ثلاث أرباع النفط السوداني، الأمر الذي تسبب في حدوث أزمة في الاقتصاد السوداني المعتمد علي الصادرات النفطية بنسبة كبيرة.
