الصراع بين الاسلاميون والشيوعيين صراع قديم والبعض يصفة بانه عقائدي منذ الاستقلال كل الحكومات المرت علي السودان تعتمد سياسيا علي دعم من الاسلاميون او الشيوعيين في المقابل، يعتبر القيادي في المؤتمر الشعبي، أحد الأحزاب الإسلامية في السودان، أبوبكر عبد الرازق، أن “صراعنا مع الشيوعيين صراع مذاهب فكرية ويقوم على الاعتقاد. فالإسلاميون يؤمنون باحترام الآخر والحرية والاحتكام إلى الانتخابات العامة كمنهج ووسيلة للوصول إلى السلطة، لكن الشيوعيين لا يؤمنون بالحرية، ومنهجهم أن الدولة هي التي توجّه المجتمع. وهذا ما جعل قوى الحرية والتغيير، الحاضن السياسي للحكومة السودانية الانتقالية التي يسيطر عليها الشيوعيون تتمسّك بأن تكون مدة الفترة الانتقالية 39 شهراً، وتسعى في الوقت ذاته إلى تمديدها، لأنها على يقين بأن خيار الشعب يأتي بالتيار الإسلامي العريض. لذلك، فإن أي مساحة للحرية تعني نمو التيار الإسلامي وتمدّده في المجتمع، وانحسار الشيوعيين وتلاشيهم”كل منهم يريد ان يحكم السودان .