رفضت المحكمة العليا في السودان بنودا في مشروع الدستور الانتقالي تتعلق بالسلطة القضائية.وقد قرر قضاة المحكمة العليا رفض البنود المتعلقة بالسلطة القضائية في مشروع الدستور الانتقالي والاتفاق الإطاري الموقع بين المكون العسكري وقوى سياسية، على رأسها تحالف قوى الحرية والتغيير- مجموعة المجلس المركزي.وجاء في مذكرة رفعها قضاة المحكمة العليا إلى رئيس مجلس السيادة عبد الفتاح البرهان أن مشروع الدستور والاتفاق الإطاري كفلا للقوى السياسية السيطرة على السلطة القضائية، مما يمكنها من سلطة اختيار المجلس الأعلى للقضاء ورئيس القضاء ونوابه ورئيس وأعضاء المحكمة الدستورية والنائب العام.واعتبر قضاة المحكمة العليا أن خضوع السلطة القضائية للإصلاح المؤسسي عن طريق مفوضية يعينها مجلس الوزراء مساسا بالسلطة القضائية وانتهاكا لاستقلال القضاء.
