بعد اعتقال دام 3 أشهر للقيادي بلجنة تفكيك نظام الثلاثين من يونيو خالد عمر يوسف ، بعد ما وجهت إليهم النيابة العامة تهماً تحت طائلة القانون الجنائي ، تتصل بخيانة الأمانة ومخالفة قانون النقد الأجنبي ومكافحة الثراء الحرام و المشبوه، إلى جانب تهم أخرى ، صرح مجلس السيادة بإطلاق سراحه وصرح البرهان بأن قرار إطلاق سراحه يأتي تمهيدا لإجراء حوار بين الفرقاء السودانيين ، الأمر الذي أحدث الكثير من التساؤلات المتداولة في الوسط السياسي ومقار تنفيذ القانون ، وتفشي حالة من عدم الثقة في الأجهزة العدلية ، وجاء قرار إطلاق السراح بعد لقاء البرهان بعدد من المبعوثين الدوليين ، وتوقيع اتفاق سري جمع بين فرد من المخابرات و خالد عمر يوسف الشهير بسلك والبرهان ومبعوث دولي ، نص على إطلاق سراح عمر يوسف بمقابل أن يقوم بالدفاع عن الجيش وخاصة في محور مفاوضاته مع الغرب ، فالسياسي الهش يقبل ابخث الأثمان مقابل الغرب ويلهث وراء طموحة بدلا من مصلحة وطنه .
